船舱内空间颇大，分为了上下两层。下层为人力旋桨操控隔层，所有参与人力旋桨操控之人皆是拥有深厚武学根基的慕容家仆，他们在神护卫的指挥下，有规律地操控六座巨大旋桨，给瑶光神船带来了深海航行的动力。

而船舱内的上层，则分为了三大休息区间，其中最简陋的区域为慕容家仆休息区；较为华丽的区域为慕容家族神护卫的休息区；而最为奢华的区域，便是慕容家族子弟的专属休息区。