以重任，马援被封为镇戎大尹（新朝时期改太守为大尹），而原涉则担任了新城（今陕西安康）大尹。新朝崩溃后，马援与兄长马员逃至凉州以躲避战乱。当刘秀建立起东汉王朝时，马员投靠了刘秀并得到了官职，而马援却被滞留在了西州。

当时，西州已被隗嚣占据，他自称为西州大将军，并任命马援为绥德将军，对马援颇为倚重。隗嚣希望寻找到一个可靠的盟友，此时，蜀地的公孙述自立为帝，而马援与公孙述恰好是同乡