嘉靖七年三月初八，叶尔姜主帅巴伊放弃了肃州城，并将麾下的万余人马拉回瓜州，打算集中优势兵力与徐晋决战，夺回敦煌三关，以打通返回叶尔姜的退路。

瓜州城中本来就有五千人留守，巴伊带着万余人返回后，城中的守军便达到了一万七千人，不过有三千是李大仁麾下的“伪军”，战力几乎可以忽略不计。

另外，巴伊还在嘉峪关中留了五千人马驻守，以防甘州的明军来攻，谁料甘州方面的都指挥使贺樟犯蠢，