吐鲁番和叶尔羌这两处地方虽然占下来了，但如何治理却是个大难题，徐晋就算有三头六臂也是不够用的，所以他也懒得伤脑筋，直接照搬唐朝旧制，设立都护府，实行军事化管理，待日后彻底稳定了，再由朝廷划分行政单位，派遣官员来治理。

简单来说，徐晋把吐鲁番和叶尔羌汗国分成了三大块，一块是安西大都护府，治所位于阿速，管辖塔里木河中下游地区；一块是安北都护府，治所位于哈密；最后一个叫昆仑都护府，治