海事司属于完完全全的内廷架构，只要是从正规渠道出海的船只，以及货物都要在海事司登记，同样海事司也有自己收取税银的权力，他们税银大部分移交给了户部，一小部分直接运到宫里面去，而这笔转运的银子是不在账目上的。

换句话来说，朝廷的银子清清楚楚，皇帝有多少钱，徐有贞一点都不知道。

在成化二十八年，海事司改制之后，就成为了内廷隶属机构，挂司礼监下，设置掌事