为此了镇压叛乱，朝廷新增了两广总督以及设立了三宣六慰，诸如宣慰司、宣抚司、安抚司、招讨司等等。

实行改土归流，但动乱一直存在。

安邦彦、奢崇明的叛乱从天启二年开始，一直打到现在，遍及四川、云南、贵州几省，闹得的人尽皆慌。

即便是西南总督朱燮元连上数道奏疏急报，崇祯也只能尽量调拨一些军饷、粮食去过去，实在是无暇分身，而且短时间