了长水校尉下设两名司马，其余校尉，都是下设一名司马，俸禄为一千石。

一旦京城发生战乱，五军校尉可第一时间驻守皇宫外面的五个方向，与皇宫内的南军共同御敌，看其职责，是典型的戍京军，它应该归执金吾管辖。

不过在刘秀改制之后，五军校尉皆听命于北军中侯，而北军中侯又是由天子直接任命，直接向天子负责的，如此一来，执金吾的职权又被大大压缩了。

原本执金吾的职责相当于首都军区总司令