由于国内政局混乱，日本趁机提出对东三省的交涉问题，袁世凯遂命施肇基专门负责此事，对日交涉，交涉完成之后，便将他调回北京，在外务部供职。

袁世凯死后，联合阵线最终入主中枢，掌握了最高权力，之后，必要的人事调整也随之展开，一番你争我夺之后，权力分配完成，而施肇基也正因此被一脚踢出了外务部，先是坐了半年的冷板凳，然后被“发配”到了驻俄公使馆担任参赞，直到唐绍仪接任驻俄公使，才向中枢推荐了施肇基