叔马里奥被杀，艾吉奥中枪逃走，金苹果也再次落入了圣殿骑士手中。

艾吉奥来到罗马，不断地削弱圣殿骑士的势力，夺回金苹果的艾吉奥在苹果的指引下，把它藏在了罗马斗兽场下的神殿，等待着五百年后某个人的出现。

艾吉奥稳固了刺客组织在意大利的势力，将整个刺客组织发展壮大。在某次叔叔马里奥的文档时，艾吉奥发现了一封他父亲的来信，提及了一个隐藏在著名刺客阿泰尔出生地马斯亚夫的秘密图书馆。